Что такое штампы вируса
Так ли страшны новые штаммы? Ответы на самые важные вопросы о мутациях коронавируса
Появление новых штаммов коронавируса, имеющих необычные свойства, вызывают тревогу людей во всем мире. Руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека Центрального научно-исследовательского института эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов рассказал о том, что сейчас известно о мутациях COVID-19 и нужно ли будет ежегодно от него прививаться, как мы это делаем в случае с гриппом.
— Сколько всего штаммов коронавируса выявлено на сегодняшний день в мире?
— В первую очередь стоит обратиться к определению штамма вируса как некоторого варианта патогена, который обладает уникальными и стабильными фенотипическими характеристиками. При этом стоит отметить, что вирусы, особенно РНК-содержащие, постоянно мутируют, перебирая разные варианты изменений в геноме, и даже внутри одного человека может содержаться множество версий одного вируса, отличающихся отдельными изменениями в геноме, которые далеко не всегда приводят к образованию нового штамма.
Варианты SARS-CoV-2 циркулируют во всем мире, и после появления некоторые варианты довольно быстро исчезают, другие, наоборот, закрепляются в популяции, процесс динамический. Сколько всего штаммов нового коронавируса существует в природе на данный момент, неизвестно, в том числе из-за размытости самого понятия и факта того, что свойства многих геновариантов вируса пока не изучены.
Так, популярный ресурс PANGO lineages выделяет значительное число отдельных линий патогена, и различные организации во всем мире изучают варианты вируса, чтобы понять, являются ли они более контагиозными, изменяющими тяжесть течения заболевания, детектируемыми доступными диагностическими тестами, отвечающими на терапию, изменяющими эффективность вакцин против COVID-19 и т.п. Потому куда чаще термин «штамм» используется для каких-то особо интересных вариантов патогена, как, например, британского или южноафриканского, которые характеризуются ключевыми изменениями в геноме и имеют важные (часто выгодные патогену) свойства. Так, было введено понятие VoC (от англ. Variants of Concern. — Прим. ред.) — «варианты, вызывающие беспокойство», к которым сейчас причисляют несколько штаммов, включая вышеперечисленные.
— Сколько из них есть в России?
— Строгого ответа нет. Какая-то доля всех штаммов коронавируса, которые распространяются на планете, есть уже и в России, какие-то будут завезены в будущем, какие-то появятся у нас в стране независимо. Ученые во многих лабораториях в мире и в нашей стране сейчас проводят активную работу по секвенированию геномов патогена из различных регионов, чтобы как можно быстрее выявлять новые варианты, мониторить скорость их распространения, устанавливать источники заносов из-за рубежа, определять свойства, корректировать тест-системы в случае необходимости. Из известных штаммов в РФ были выявлены британский, южноафриканский, индийский и несколько локальных.
— Какие штаммы коронавируса самые опасные и проникают внутрь всего организма, а какие — наоборот?
— Как уже говорил выше, само определение штамма подразумевает новые стойкие свойства патогена. Чаще всего приходится иметь дело либо с повышенной заразностью вируса (как, например, в случае с британским штаммом, который, по различным оценкам, примерно на 50% более заразен, чем другие, «старые» версии), либо же со снижением эффективности связывания с нейтрализующими антителами, возникшими после вакцинации или перенесенного ранее заболевания (так в случае с южноафриканским вариантом).
При этом сразу хотел бы отметить, что уменьшение эффективности вовсе не означает отсутствие защиты, но она может быть несколько снижена. В любом случае всячески выступаю за вакцинацию, которая если и не защитит на 100% от заболевания, то может кардинально снизить тяжесть его протекания.
— Какие штаммы наиболее всего распространены в Москве, какими больше всего болеют в России?
— За последнее время мы видим несколько сотен завозов британского штамма как по России, так и в Москве, что вполне ожидаемо ввиду его свойств. Появляются и некоторые локальные российские версии вируса, у которых встречаются мутации в геноме, характерные для британского и южноафриканского вариантов, но пока преждевременно говорить о том, что они действительно обладают какими-то особыми для людей свойствами. По этой же причине мы не хотели бы сейчас раздавать новые имена таким вариантам, по крайней мере до накопления достаточного объема данных.
— От всех ли штаммов болезнь длится одинаково или есть разница?
— В какой-то момент появилась информация, что пациенты с британским вариантом инфекции болеют тяжелее, и летальность в таких случаях выше. Это впоследствии было опровергнуто другими исследованиями, и с тех пор я не видел новой информации. Похожая информация появлялась и про калифорнийский вариант.
Нужно отметить, что тяжесть протекания заболевания зависит от множества факторов, и, как известно, многие вообще переносят болезнь бессимптомно, кто-то же крайне тяжело. Такие факторы, как наличие сопутствующих заболеваний, общее состояние организма, возраст, играют существенно большую роль в развитии тяжелой болезни, чем наличие мутаций в геноме патогена, по крайней мере известных на данный момент.
— Может ли бы такое, что к одному штамму коронавируса у человека есть иммунитет, а к другому нет?
— Перенесенная ранее коронавирусная инфекция или вакцинация в норме вызывают иммунный ответ, и в результате в организме появляются нейтрализующие антитела, хотя защита обусловлена не только ими, потому не стоит пугаться, даже если уровень антител невысок или падает. Но да, мы уже знаем, что ряд мутаций в геноме нового коронавируса приводит к изменениям в структуре его белков, придавая патогену новые свойства, иногда удачные для патогена, в том числе с точки зрения снижения связывания нейтрализующими антителами. Потому точно ответить, что к одному штамму у человека есть иммунитет, а к другому нет, нельзя, но эффективность защиты может быть разной, в зависимости от того, с каким новым вариантом вируса вновь встретился пациент.
В связи с этим достаточно вероятна ситуация, что вакцины против нового коронавируса придется периодически обновлять и иммунизироваться ежегодно, как это сейчас происходит с тем же вирусом гриппа. Думаю, к осени мы накопим достаточное количество данных по эффективности существующих вакцин против новых штаммов. Потому еще раз говорю: на данный момент известных причин избегать вакцинации нет, если только нет прямых противопоказаний по состоянию здоровья.
Какие штаммы коронавируса есть и чем они отличаются?
Рассказываем, о каких штаммах коронавируса известно и чем они опасны.
– Слышала про какой-то новый опасный штамм коронавируса, из-за которого якобы человек может остаться без ног. Неужели это правда? Какие вообще есть штаммы коронавируса и следует ли их опасаться?
По данным опубликованным на GISAID (ресурс, который обеспечивает открытый доступ к геномным данным вирусов гриппа и коронавируса, ответственного за пандемию COVID-19 – прим. ред.), каждый вирус имеет свой геном – уникальную специфическую последовательность ДНК или РНК. Коронавирус SARS-CoV-2 относится к группе РНК-вирусов, довольно сложный геном которых зашифрован в длинной молекуле рибонуклеиновой кислоты (РНК).
Когда вирус воспроизводит копии самого себя, он иногда немного изменяется. Эти изменения называются «мутациями». Используя слово «штамм», учёные подразумевают генетически отличную ветвь вируса, отличающуюся одной или несколькими мутациями от своего «родителя».
По мере развития пандемии COVID-19, вызывающий заболевание коронавирус SARS-CoV-2 мутирует. Так, его штаммы могут представлять большую угрозу для человека, например, легче передаваться или вызывать более тяжёлое заболевание.
Началась пандемия со штамма L – именно его обнаружили в китайском Ухане в декабре 2019 года, в настоящее время классическая версия вируса постепенно исчезает.
Остальные штаммы распределены в странах мира с разной интенсивностью: на каждом континенте, как правило, существует не больше двух основных вариаций. Их распространение можно наблюдать на интерактивной карте Nextstrain, отслеживающей мутации вируса.
В настоящее время учёные выделяют 4 наиболее опасных штамма COVID-19.
Фото: Александр Плонский/ТАСС
Британский штамм – «Альфа»
Новую генетическую линию коронавируса SARS-CoV-2 – B.1.1.7 впервые зафиксировали осенью 2020 года в Великобритании. Она является одним из самых распространённых в странах Европы вариантов коронавируса, но не в России.
Этот штамм распространяется на 56-70% быстрее исходника. Некоторые учёные предполагают, что эта разновидность коронавируса приводит к смерти пациентов – на 30-70% чаще, чем классический штамм COVID-19. Однако в апреле 2021 года в журнале Lancet опубликовали исследование, специалисты которого не смогли подтвердить эту теорию. Также в учёные опровергли предположение об увеличении рисков повторно заразится этим штаммом, хотя и подтвердили, что альфа-вирус более заразен.
В Роспотребнадзоре заявили, что британский штамм коронавируса принципиально не отличается от «уханьского» или других штаммов, так как при мутации не произошло и 1% изменения в его геноме. И российские вакцины «Спутник V» и «ЭпиВакКорона» достаточно эффективны против этого штамма.
Доказано, что инфицированные британским штаммом редко теряют вкус и обоняние. В основном у заразившихся им распространены кашель, боль в горле, усталость, мышечные боли и лихорадка.
Фото: Министерство здравоохранения кировской области
Южноафриканский штамм – «Бета»
Новый вариант коронавируса SARS-CoV-2 501Y.V2/B.1.351, известный как «южноафриканский» штамм, впервые выявили в ЮАР в декабре 2020 года.
По информации Национального института инфекционных заболеваний в Йоханнесбурге, мутации нового варианта SARS-CoV-2 делают его устойчивым к антителам в плазме крови, донорами которой были пациенты, уже переболевшие коронавирусной инфекцией.
Бета-штамм активно распространяется среди молодых людей, так как способен лучше прикрепляться к клеткам организма. Болезнь при заражении именно этим штаммом протекает без каких-либо сопутствующих заболеваний и чаще приводит к серьёзным осложнениям.
В феврале 2021 года повышенную заразность штамма из ЮАР подтвердила Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ).
Бразильский штамм – «Гамма»
В январе 2021 года в Бразилии ученые сообщили о возникновении нового штамма коронавируса – B.1.1.248. Именно гамма-вариант стал причиной второй волны коронавируса в столице штата, городе Манаус. О его заразности говорит Что немало говорит о его заразности – около 70% жителей города ранее переболели оригинальным вариантом коронавируса и имело антитела, в том числе это связано и с антипрививочными взглядами президента страны Жаира Болсонару.
По данным экспертов, штамм является более заразным и опасным для молодых людей, а также снижает эффективность вакцин. При гамма-штамме болезнь имеет стандартные симптомы ковида, но сам вирус минимум гораздо заразнее исходного варианта. Также он умеет преодолевать естественный иммунитет уже переболевшего населения. Установлено, что бразильский вариант тяжелее протекает у молодёжи и беременных женщин.
В России гамма-вариант пока представлен единичными случаями. Как заявили 22 июля представители центра «Вектор», во всей стране выявили всего несколько случаев гамма-варианта. Зато, по данным американского Центра по контролю и профилактике заболеваний, этот вариант быстро распространился в США.
Индийский штамм – «Дельта»
Сегодня в мире доминирует именно дельта-штамм (B.1.617). В ВОЗ и Европейском центре по профилактике и контролю заболеваний считают, что он будет преобладать в мире и в ближайшие месяцы, так как его уже идентифицировали почти во всех европейских странах. Этот штамм впервые выявили в индийском городе Напур в октябре 2020 года.
Врачи считают, что этот штамм более заразен и способен избегать нейтрализации некоторыми моноклональными антителами (антитела, произошедшие из одной плазматической клетки-предшественницы – прим. ред.). Это значит, что антитела, появившиеся у переболевшего COVID-19 человека, могут быть не эффективны в борьбе со штаммом дельта.
Руководитель Екатеринбургского НИИ вирусных инфекций «Вектор» Роспотребнадзора Александр Семенов считает, что вирус дельта, сменив классический уханьский штамм, по течению болезни стал более гриппоподобным. Больные индийским штаммом чаще жалуются на головную боль, боль в горле, повышенную температуру, кашель и насморк, для них совсем не характерна потеря обоняния. Молодые и здоровые люди легко могут принять заражение дельта-штаммом за простуду. Но вместе с тем пациенту может стать хуже буквально за два-три-четыре дня.
Для течения средней тяжести болезни дельта вирусом характерны следующие характеристики: сильные боли в суставах, сильные боли в животе, тошнота, рвота, высокая температура, лихорадка, потеря слуха, спутанность сознания, гангрена. Это связано с тем, что при бразильском штамме у пациентов увеличивается риск возникновения тромбов в кровеносных сосудах кишечника, рук и ног.
Менее угрожающие штаммы
Буквы «эта», «йота», «каппа» и «лямбда» ВОЗ определили как менее угрожающие в эпидемиологическом плане штаммы. представляющим научный интерес:
«эта» – нигерийский штамм (B.1.525);
«йота» – американский штамм (B.1.526);
«каппа» – индийский штамм (B.1.617);
«лямбда» – перуанский штамм (C.37).
Однако лямбда-вирус вызывает у мирового научного сообщества всё больше беспокойства. До сих пор Лямбда была распространена только в странах Латинской Америки: Чили, Перу, Аргентину и Эквадор. На днях первых инфицированных такой мутацией коронавируса выявили в Великобритании.
Линия Лямбда имеет 8 ключевых мутаций. Молекулярный биолог Константин Семёнов в интервью для издания «Московский комсомолец» предположил, что именно из-за этого вирус устойчив к антителам, полученным человеком после вакцинации или после естественной инфекции.
По мнению молекулярного биолога и биотехнолога индийского Университета Мадраса доктора Прийома Бозе, лямбда-вирус ещё и передаётся от человека к человеку гораздо быстрее.
Однако учёные считают, что повышенная вирусная инфекционность не всегда является свидетельство того, что вирус будет быстро и масштабно распространяться. Например, вариант Эпсилон ВОЗ признали не представляющим опасности. Так как на фоне своей высокой способности к заражению он не смог распространиться в человеческой популяции.
Фото: Министерство здравоохранения Кировской области
Сколько штаммов коронавируса в России?
О том, сколько штаммов коронавируса есть в России, точно неизвестно. Из известных штаммов в РФ были выявлены британский, южноафриканский, индийский и несколько локальных.
По словам Руководителя научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека Центрального научно-исследовательского института эпидемиологии Роспотребнадзора Камиля Хафизова, нельзя точно сказать, что у человека есть иммунитет к определённому штамму коронавируса. Именно поэтому возможно, что вакцины против COVID-19 придётся периодически обновлять и иммунизироваться ежегодно, как это сейчас происходит с тем же вирусом гриппа.
– Думаю, к осени мы накопим достаточное количество данных по эффективности существующих вакцин против новых штаммов. Потому еще раз говорю: на данный момент известных причин избегать вакцинации нет, если только нет прямых противопоказаний по состоянию здоровья, – отметил Камиль Хафизов.
1. Основных штаммов нового коронавируса семь. Ранее штаммы ассоциировали с географическим названиям. Чтобы не дискредитировать соответствующие страны, ВОЗ приняли решение сменить классификацию на буквенную: GR, G, GH, O, S, L и V. Началась пандемия со штамма L – именно его обнаружили в китайском Ухане в декабре 2019 года. В настоящее время учёные выделяют 4 наиболее опасных штамма COVID-19.
2. Штамм «Альфа» – один из самых распространённых в странах Европы вариантов коронавируса, но не в России. Штамм распространяется на 56-70% быстрее исходника. Инфицированные британским штаммом редко теряют вкус и обоняние. В основном у заразившихся им распространены кашель, боль в горле, усталость, мышечные боли и лихорадка.
3. Штамм «Бета» устойчив к антителам в плазме крови, донорами которой были пациенты, уже переболевшие коронавирусной инфекцией. Бета-штамм активно распространяется среди молодых людей. В ВОЗ подтвердили его повышенную заразность.
4. Штамм «Гамма», по данным экспертов, является более заразным и опасным для молодых людей, а также снижает эффективность вакцин. При гамма-штамме болезнь имеет стандартные симптомы ковида. Также он умеет преодолевать естественный иммунитет уже переболевшего населения. В России гамма-вариант пока представлен единичными случаями.
5. Больные индийским штаммом «Дельта» чаще жалуются на головную боль, боль в горле, повышенную температуру, кашель и насморк, для них совсем не характерна потеря обоняния. При тяжёлом протекании болезни у пациента могут появится сильные боли в суставах, тошнота, рвота, потеря слуха, гангрена. Это связано с тем, что при бразильском штамме у пациентов увеличивается риск возникновения тромбов в кровеносных сосудах кишечника, рук и ног. Антитела, появившиеся у переболевшего COVID-19 человека, могут быть неэффективными в борьбе с этим штаммом.
6. Менее угрожающими штаммами ВОЗ считают: «эта» – нигерийский штамм; «йота» – американский штамм; «каппа» – индийский штамм; «лямбда» – перуанский штамм. Однако лямбда-вирус вызывает у мирового научного сообщества достаточно беспокойства. Ранее Лямбда была распространена только в странах Латинской Америки, но на днях первых инфицированных такой мутацией коронавируса выявили в Великобритании.
7. О том, сколько штаммов коронавируса есть в России, точно неизвестно. Из известных штаммов в РФ были выявлены британский, южноафриканский, индийский и несколько локальных.
Если у вас есть вопросы, на которые вы не можете найти ответ, задайте их нам, и мы постараемся на них ответить.
«Омикрон» — вооружен и очень заразен. Чем опасен новый штамм и как его одолеть
Ирина Якутенко
24 ноября Южная Африка официально сообщила, что в стране обнаружен новый штамм коронавируса, который позже получил имя «омикрон». А уже 26-го ВОЗ собрала по его поводу внеочередное заседание. 8 декабря сразу четыре лаборатории подтвердили худшие опасения экспертов: омикрон научился уходить если не ото всех, то от значительной части антител, выработанных после вакцинации или болезни, вызванной предыдущими вариантами SARS-CoV-2. Молекулярный биолог и научный журналист, автор книги о коронавирусе «Вирус, который сломал планету» Ирина Якутенко рассказывает, что означают эти данные, ждет ли нас новая пандемия или, как надеются некоторые, омикрон окажется более мягким коронавирусом, чем его предшественники.
Вирус, который умеет все
«Омикрон» прославился сразу, как только в сети появились первые расшифрованные геномы этого варианта. Внимание вирусологов привлекли его мутации: во-первых, их оказалось очень много — больше 50 значимых изменений (то есть меняющих последовательность не только нуклеотидов в гене, но и аминокислот в кодируемом этим геном белке), из них 30 в гене спайк-белка. Во-вторых, эти мутации выглядели неслучайными: многие из них ученые знали по другим коронавирусным вариантам, где они выполняли вполне конкретные функции. Например, замену N501Y несли варианты альфа, бета и гамма, и, как полагают вирусологи, она помогала им лучше заражать клетки и эффективнее передаваться от одного инфицированного другому. Мутация K417N встречалась у варианта бета и некоторых разновидностей дельты и, видимо, помогала им уходить от части антител. Благодаря замене P681H спайк-белок вируса становится более доступным для разрезания клеточным ферментом фурином — этот шаг необходим коронавирусу для проникновения в клетку. До этого мы видели очень похожую мутацию P681R у дельты и альфы.
Одним словом, «омикрон» собрал в гене своего спайк-белка целый букет изменений, которые помогают лучше прятаться от антител или более эффективно заражать клетки. Но не факт, что все мутации, которые мы видели раньше у других штаммов, у «омикрона» работают так же: белок можно представить себе как запутанный моток шерсти, и каждая аминокислотная замена немного меняет форму этого мотка, причем нередко в какой-нибудь достаточно удаленной его части: изменившаяся форма скопления ниток сдвигает и все остальные части мотка. И когда таких замен оказывается много сразу, итоговая конфигурация может оказаться уже не суммой маленьких изменений, а чем-то совершенно новым. В этой ситуации спайк-белок перестанут узнавать не только антитела, нацеленные на места, где произошли изменения, но и те, которые связывались с другими фрагментами спайка, чья последовательность не поменялась, однако форма стала иной.
Другой момент, отличающий «омикрон» от остальных разновидностей SARS-CoV-2, — его место на эволюционном дереве коронавирусов. Начать с того, что B.1.1.529 (как «омикрон» называется по общепринятой коронавирусной классификации PANGO, основанной как раз на генетическом сходстве вариантов), не является потомком «дельты». Этот факт сам по себе довольно примечателен: в ноябре 2021 года штамм «дельта» был абсолютным гегемоном на планете, вытеснив, благодаря повышенной заразности, все остальные варианты. Максимально логичным сценарием представлялось дальнейшее развитие «дельты» в сторону ухода от антител. Однако «омикрон» произрастает из ветки под названием B.1, которая появилась намного раньше ветки, ведущей к «дельте». И длина «омикроновой» ветви гораздо больше, чем средние длины ветвей между предковыми и потомковыми вариантами. Другими словами, «омикрон» приобрел все свои многочисленные мутации как бы одномоментно. Но в живой природе такого не бывает: изменения всегда происходят постепенно, и внезапное обилие их в одном геноме говорит о том, что «омикрон» долго эволюционировал где-то под радарами, не попадаясь на глаза ученым.
И самое вероятное место скрытой эволюции — организм человека с иммунодефицитом. Иммунная система такого человека не может окончательно избавиться от вируса, но тем не менее постоянно пытается атаковать его. В результате вирус месяцами размножается, причем вирусные частицы, которые все же узнаются антителами, уничтожаются, а выживают те, которые от антител уходят. Встречая новые разновидности вируса, иммунная система адаптирует свои антитела, и цикл отбора повторяется. За множество раундов селекции вирус может набрать огромное количество изменений — и, если такой обновленный вирус перепрыгнет на кого-то еще, для антител новой жертвы этот вариант окажется совершенно незнакомым. А значит, вирус сможет беспрепятственно размножаться так же, как если бы у нового хозяина вовсе не было антител против SARS-CoV-2.
Именно такое развитие событий предположили ученые, впервые увидев геном «омикрона». Но без данных реальных экспериментов все предположения являются всего лишь теориями: даже компьютерные модели не в состоянии достоверно предсказать, как изменятся отношения спайк-белка «омикрона» с антителами с приобретением стольких мутаций. Поэтому первые две недели СМИ и эксперты пытались выяснить, насколько хорошо B.1.1.529 уходит от антител по косвенным данным: скорость распространения и доли привитых среди зараженных.
Неуязвимый
И вот наконец 8 декабря сразу четыре лаборатории представили первые результаты экспериментальной проверки устойчивости «омикрона» к антителам из крови вакцинированных и/или переболевших другими вариантами коронавируса. Первой препринт (то есть статью, которую не смотрели рецензенты и которая пока не опубликована в научном журнале) представила лаборатория Алекса Сигала из Африканского института наук о здоровье (Africa Health Research Institute) в ЮАР. Ученые проводили так называемую реакцию нейтрализации: в подобных экспериментах чувствительные к вирусу клетки заражают им, одновременно добавляя сыворотку крови с антителами. Если антитела хорошо узнают вирусные частицы, сыворотка будет защищать клетки от заражения (нейтрализовать вирус). Так как для эффективной борьбы с вирусом в организме нужно больше антител, чем для нейтрализации in vitro, исследователи добавляют сыворотку в различных разведениях: когда антитела работают, эти разведения могут быть в сотни и тысячи раз. Чем больше можно развести сыворотку при сохранении нейтрализации, тем лучше сработала иммунная система.
Ученые из ЮАР показали, что по сравнению с «дельтой» эффективность нейтрализации «омикрона» антителами из сыворотки вакцинированных меньше в 41 раз. Для людей, которые до или после вакцинации переболели, падение эффективности было чуть менее выраженным, но тоже очень существенным. То есть антитела, выработанные после встречи с вирусами других штаммов или их фрагментами, не видят «омикрон».
Антитела, выработанные после встречи с вирусами других штаммов или их фрагментами, не видят омикрон
В тот же день утром очень похожие результаты выложили немецкие специалисты, работающие под руководством директора института медицинской вирусологии во Франкфурте-на-Майне Сандры Цизек. Сыворотка людей, получивших вторую дозу мРНК-вакцин полгода назад, в принципе не могла нейтрализовать вирус. Через две недели после бустерной дозы эффективность нейтрализации «омикрона» по сравнению с нейтрализацией «дельты» была ниже в 11 раз, через три месяца после бустера — в 37 раз.
В двух других работах ученые также обнаружили снижение эффективности нейтрализации сыворотками вакцинированных, однако меньшее, чем в исследованиях из ЮАР и Германии. В препринте биологов из Каролинского университета в Стокгольме максимальное снижение составило от 1 до 23 раз, а в работе сотрудников компании Pfizer — 25 раз. Разница может объясняться несколькими причинами. Немцы и африканцы работали с живым вирусом, а авторы двух других исследований — с так называемым псевдовирусом. Этим термином называют гибрид, представляющий собой хорошо известный ученым специально ослабленный вирус, в геном которого вставлен ген спайк-белка коронавируса. Псевдовирус синтезирует коронавирусный спайк-белок и выставляет его на своей поверхности. При помощи спайка псевдовирус может цепляться за те же рецепторы, что и настоящий SARS-CoV-2, и заражать клетки.
Псевдовирусные экспериментальные системы очень популярны, так как с псевдовирусом можно работать в обычных условиях, в то время как манипуляции с SARS-CoV-2 разрешены только в лабораториях повышенного класса биологической защиты (BSL-3). Однако такие модели не всегда адекватно отражают реальные процессы, происходящие при заражении. Чтобы доказать, что результаты, полученные на псевдовирусах, можно переносить на реальный вирус, необходимо проводить специальные тесты, которых в случае «омикрона» еще не было. И в любом случае, если B.1.1.529 способен легче заражать клетки благодаря мутациям не в спайке, а в других белках, отловить это, используя псевдовирусы, не получится.
Вторая причина, по которой результат работ отличаются друг от друга, — время, которое прошло с момента вакцинации. Цизек и коллеги работали с сыворотками людей, вакцинированных двумя дозами полгода назад, а сотрудники Pfizer использовали сыворотки людей, получивших вторую прививку три недели назад. Очевидно, во втором случае количество антител будет больше, а значит, нейтрализация окажется более эффективной. Бустер в работе Pfizer добровольцы получили всего за месяц до забора крови, и, как утверждается в пресс-релизе, эти сыворотки были способны нейтрализовать «омикрон» так же хорошо, как сыворотки дважды вакцинированных нейтрализуют «дельту».
Благодаря разному дизайну экспериментов мы можем предварительно заключить, что две дозы вакцины полностью теряют способность нейтрализовать B.1.1.529 в промежутке от трех недель до трех месяцев. Бустер повышает эффективность, однако через три месяца этот эффект также значительно спадает.
Еще одно следствие новых свойств «омикрона» — бесполезность измерения количества антител. Даже для старых штаммов мы не знали, сколько их нужно для хорошей защиты, тем не менее многие пытались выводить границы коридоров эффективности. Теперь всю эту работу придется начинать сначала — и то, только после того, как появятся новые вакцины, адаптированные под «омикрон». На данный момент многие эксперты полагают, что этого шага не избежать, а производители обещают выпустить первые партии обновленных вакцин к марту 2022 года.
Быстрый
Результаты лабораторных экспериментов выглядят очень тревожно, но важно понимать, что снижение эффективности нейтрализации в 40 раз не равно 40-кратному снижению эффективности вакцин. Человек и его иммунная система устроены намного сложнее культуры клеток, поэтому прямо переносить результаты исследований in vitro на людей нельзя. Очевидно, что столь существенное падение эффективности нейтрализации скажется на реальной защите, которую дают вакцины, но для того, чтобы оценить его, необходимо собрать еще и эпидемиологические данные.
Одним из таких необходимых параметров является динамика распространения «омикрона». Исходя из данных об изменении количества положительных тестов в ЮАР, специалисты оценивают прирост новых случаев заражения B.1.1.529 там в 25% в день. И это скорее оценка по нижней границе, так как доля положительных тестов ото всех сделанных тоже растет и уже превысила 26%. Чем больше этот показатель, тем большее количество инфицированных мы пропускаем: когда системы отслеживания налажены хорошо, он находится на уровне нескольких процентов.
Но даже прирост в 25% в день сравним с цифрами, которые мы видели в первую волну, когда коронавирус начал захватывать полностью неиммунную к нему популяцию. Такая прыть «омикрона» может отчасти объясняться его способностью уходить от антител: с точки зрения иммунной системы вакцинированных или переболевших, его спайк-белок — это некое новое образование, против которого антител в организме нет. С другой стороны, нельзя исключать, что «омикрон» сам по себе заразнее «дельты», но для того, чтобы выяснить это, необходимо сравнить скорость распространения двух штаммов в неиммунной популяции, чего мы не можем сделать по объективным причинам.
Другой способ оценить заразность требует статистики по отслеживанию контактов. В Африке она налажена плохо, в Европе после летнего спада тоже, однако системы здравоохранения все же намного лучше умеют решать такого рода задачи. И за пару недель с момента разноса вируса за пределы Африки мы уже видели как минимум один эпизод суперраспространения: в Осло на рождественском обеде больше 70% из сотни гостей заразились от одного человека. Еще один потенциальный случай распространения произошел в Сиднее: по итогам вечеринки на круизной яхте, куда допускали только привитых или переболевших, минимум 5 из 140 гостей заразились «омикроном». Остальные пока находятся на карантине, так что, возможно, число подтвержденных инфекций в итоге окажется больше.
Косвенно оценить собственную заразность B.1.1.529 можно также в экспериментах по заражению животных, но на проведения и анализ результатов таких опытов потребуется время.
Как бы то ни было, сегодня мы видим, что «омикрон» не сильно уступает «дельте» по скорости распространения (хотя статистики пока мало, все выводы нужно делать с осторожностью). И теперь основной вопрос связан с течением вызванного этим штаммом заболевания. Уход от антител не означает, что вакцины будут намного хуже предотвращать тяжелое течение. Антитела представляют собой только первый бастион иммунной защиты, их роль — предотвратить заражение клеток. Но если оно уже случилось, в игру вступают Т-клетки, задача которых — уничтожить все, что инфицировано. Вакцины и перенесенная болезнь стимулируют образование не только антител, но и Т-клеток, причем эта ветвь иммунитета более устойчива к мутациям.
Возможно, менее опасный для вакцинированных
Огромная статистика по привитым показывает, что даже после прихода «дельты» защита от тяжелого течения у вакцинированных остается на уровне 90%, хотя защита от заражения и упала. По сравнению с предковыми штаммами последовательности спайк-белка, которые узнаются Т-клетками (они реагируют на небольшие линейные фрагменты), у «альфа»- и «дельта»-штаммов изменялись примерно на 10%. В случае омикрона возможные изменения оцениваются в пределах 20–30%. То есть можно ожидать, что Т-клетки, выработанные против предыдущих вариантов SARS-CoV-2 сохранят неплохую активность и в отношении «омикрона».
Пока однозначно сказать, действительно ли у людей, имеющих Т-клетки против других версий коронавируса, сохраняется защита от тяжелых симптомов, сложно. В первые дни количество госпитализаций в ЮАР не увеличивалось или увеличивалось очень медленно, но сейчас этот показатель существенно вырос, как выросло и количество людей, которым требуется искусственная вентиляция легких. Постепенно сдвигается и возрастной состав: с каждым днем в больницах увеличивается количество пожилых людей. Это ожидаемый процесс, если предположить, что патогенез «омикрона» сходен с патогенезом «дельты»: люди старшего возраста и те, у кого есть хронические заболевания, с большей вероятностью болеют тяжело, в том числе иногда и после вакцинации. Их организм не в состоянии как следует бороться с вирусом, и даже помощь в виде двух или трех доз вакцины может оказаться недостаточной.
Еще один тревожащий фактор — высокий процент среди госпитализированных маленьких детей. Эта когорта в Африке практически на 100% невакцинирована, и необычная представленность детей среди пациентов с тяжелыми симптомами может указывать на то, что в чистом виде без страховки антителами и Т-клетками «омикрон» может быть опасен. Впрочем, для однозначных выводов необходимо дождаться лучшей статистики, нельзя исключать, что большое число детей — артефакт первых недель распространения нового штамма и повышенного внимания к любым проявлениям болезни.
Но кое-что про «омикрон» уже можно сказать однозначно: по итогам лабораторных экспериментов немецкие вирусологи выяснили, что он стал невидимым для обоих моноклональных антител, входящих в коктейль от компании Regeneron. Моноклональные антитела — это препарат, который вводят внутривенно на ранних стадиях болезни. Он представляет собой несколько сверхвысокоэффективных антител против коронавируса, искусственно синтезированных в лаборатории. Обычно моноклональные антитела назначают пациентам из групп риска, которые, с высокой вероятностью, не смогут полноценно выработать собственный иммунный ответ. Они в несколько раз снижали риск плохих исходов, но против «омикрона» коктейль, действовавший в отношении других штаммов, видимо, бесполезен. Хорошая новость в том, что два других препарата для раннего вмешательства — молнупиравир от компании Merck и паксловид, выпускаемый Pfizer, — скорее всего, сохранят эффективность, так как их активность не связана со спайк-белком.